永遠的“6時59分”開始了—— 在佑河家有著代代相傳的止界術使用止界術，能夠進入森羅萬象盡數停止的“止界”。某天，主人公樹里的外甥和哥哥，被誘拐犯綁架了。她為了救出他們而不得已使用了“止界術”，卻遭到不應存在于那里的、除自己以外的“會動的”人類襲擊。他們是尊崇止界術的“真純實愛會”。圍繞著使用止界術時所必需的“石頭”，止界之謎、佑河家之謎逐漸浮出水面……
